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国家卫生健康委于4月30日发文表示已成立调查组。5月15日，国家卫生健康委发布了该事件调查处置进展情况的通报。
通报显示，国家卫生健康委派出工作组进驻涉事单位，会同有关方面，对肖某执业行为、医德医风，董某莹的入学资格、学习情况、学术论文、毕业论文、入职过程、住院医师规范化培训管理等各环节进行彻查，对有关问题及涉事单位、部门和人员进行调查。
对于肖某，中日友好医院已对其给予开除党籍、解除聘用关系处理。北京市卫生健康委对肖某予以吊销医师执业证书，并给予五年以上禁止从事医疗卫生服务的处罚。
对于董某莹，北京协和医学院按程序撤销董某莹的毕业证书、学位证书。北京市卫生健康委对其医师资格证书、医师执业证书予以撤销。
对于北京协和医学院“4+4”试点班，通报中指出，本次事件暴露出其在录取资格确定、临床实习管理等方面存在问题，目前北京协和医学院正在深入整改。
目前，国家卫生健康委调查组正联合有关部门，对本次事件涉及的相关单位、人员开展深入调查，对违规违纪违法等问题将严肃追责问责，调查情况将向社会公布。